El Comité Editor implementa un sistema de publicación de las investigaciones a través de las series periódicas Revista de Investigación y Desarrollo Pesquero (ISSN 0325-6375) e INIDEP Informe Técnico (ISSN 0327-9642), y de las publicaciones ocasionales o Publicaciones Especiales INIDEP, posibilitando la difusión y transferencia de las actividades científicas y técnicas llevadas a cabo en el Instituto.

La Revista de Investigación y Desarrollo Pesquero publica trabajos originales referidos a los recursos pesqueros, oceanografía y acuicultura de la región, incluyendo aspectos biológicos, ecológicos, tecnológicos y bioeconómicos. Se publican preferentemente trabajos realizados en el Mar Argentino, aunque pueden ser consideradas aquellas investigaciones realizadas en otras regiones que por su temática, o por las especies involucradas, trasciendan el ámbito local. Los manuscritos son evaluados por dos revisores, uno de los cuales al menos, es externo al ámbito del INIDEP. En caso necesario se consulta a un tercer revisor.

Los trabajos publicados en la serie INIDEP Informe Técnico incluyen temáticas dirigidas fundamentalmente al sector pesquero y tienen como objetivo la difusión rápida de la información científico-técnica. Son descriptivos, con una discusión mínima y conclusiones muy acotadas. Se consideran preferentemente para su publicación las investigaciones realizadas en el INIDEP y son evaluados en su mayoría por investigadores que desarrollan sus actividades en la institución.

Las Publicaciones Especiales INIDEP se editan ocasionalmente y están dedicadas a temas monográficos, atlas, seminarios y talleres, síntesis sobre el estado de los recursos, guías de campo, trabajos que por su naturaleza deban incluir abundante material fotográfico o imágenes en color, y obras de divulgación científica en temas de las ciencias marinas.