El edificio consta de tres áreas, que cubren 10650 Mts². La primera está formada por tres plantas unidas transversalmente. Aquí se ubican los gabinetes de trabajo de los investigadores y los laboratorios, que cuentan con equipamiento para efectuar sus tareas de acuerdo a los requerimientos de cada proyecto de investigación. También se encuentran la biblioteca, el aula chica, la sala de conferencias y el gabinete de fotografía, así como la dirección, las dependencias administrativas y la capitanía de armamento.
La segunda área comprende la zona de taller y galpones, donde se almacenan los repuestos de los buques y los equipos de muestreo, que se utilizan en las campañas de investigación que realiza el Instituto. Desde allí, un portón se comunica con el muelle en el que amarran los buques de investigación del INIDEP, facilitando el acceso y el traslado del material desde y hacia los barcos.
En la tercer área se ubica la estación experimental de maricultura, de dos plantas, con sus salas de acuarios, sectores de cría, laboratorios y gabinetes de trabajo.

Área extensión Puerto Madryn

Tiene como misión desarrollar una política de extensión de la investigación pesquera con alcance regional. Así favorecerá el desarrollo de la operatoria pesquera, fomentando la práctica de una pesca responsable, conforme los lineamientos que establezca la Dirección del lNIDEP a través de la Dirección Nacional de Investigación.