El sistema fluvio-marino del Río de la Plata está caracterizado por la presencia semi-permanente de una “cuña salina” donde las aguas del rio, de baja salinidad, se mueven hacia el océano por la superficie, en tanto que las aguas marinas, más densas, lo hacen por el fondo en dirección opuesta. Ello da lugar a la conformación de un frente salino que soporta un ecosistema biológicamente muy complejo y productivo. 

En la región fluvial del sistema, la producción primaria está restringida por la falta de luz debida a la alta turbidez. Aguas abajo de la zona de deposición sedimentaria conocida como Barra del Indio, las aguas se aclaran y dan lugar a una intensa producción fitoplanctónica. El aporte de detritos que arrastra el río es también importante y contribuye fuertemente al sostenimiento de las tramas tróficas. Todo el sistema constituye la zona de cría de los peces más importantes de la región. Sus aguas y las aguas marinas aledañas son críticas para las pesquerías costeras de especies como lenguado, pescadilla, gatuzo, raya, pez palo, corvina negra, saraca, pescadilla real y besugo. La especie de mayor importancia para Argentina y de Uruguay es la corvina rubia. Esta especie hace un uso integral del sistema, reproduciéndose en la zona de Barra del Indio y estableciéndose en la Bahía de Samborombón como principal área de cría. Otras especies de gran interés para la conservación que participan de este hábitat son el delfín Franciscano y las tortugas verdes y cabezonas. Las aves marinas, a su vez, utilizan este frente como zona de alimentación en sus rutas migratorias.