1. Planificar y ejecutar las actividades de investigación de las pesquerías pelágicas e invertebrados marinos, originadas en las demandas públicas, privadas, emergentes del marco regulatorio vigente nacional e internacional y necesidades del ordenamiento pesquero, para asesorar a las autoridades correspondientes sobre el manejo y conservación de los recursos pesqueros involucrados.

2. Ejecutar las investigaciones para la evaluación y el seguimiento del estado de las poblaciones de peces pelágicos e invertebrados marinos de importancia comercial propias y compartidas con otros países.

3. Ejecutar las investigaciones para la exploración y evaluación del estado de las poblaciones de peces pelágicos e invertebrados de interés potencial

4. Predecir las tendencias futuras en la evolución de los efectivos e interpretar las causas de sus fluctuaciones

5. Ejecutar las investigaciones sobre modificaciones del ambiente de origen natural y antropogénico y sus efectos sobre los recursos pesqueros.

6. Ejecutar las investigaciones para evaluar los efectos de los cambias climático o ambientales en las poblaciones de peces y el ecosistema acuático, con énfasis en la distribución, abundancia y fluctuaciones de los recursos pesqueros

7. Obtener los datos oceanográfico - pesqueros, a través de las campañas de investigación, de observadores a bordo de buques comerciales y del muestreo de desembarques, incluyendo datos sobre pesca incidental, descartes y desperdicios, a fin de asegurar la evaluación eficaz de las pesquerías.

8. Actualizar las técnicas y métodos de prospección y evaluación, incorporando nuevos conceptos teóricos y modelos de evaluación de pesquerías de peces pelágicas y de invertebrados marinos.

9. Gestionar y ejecutar los convenios de vinculación científica y de asesoramiento sobre pesquerías pelágicas, invertebrados y medio ambiente marino.

10. Propender al incremento de la productividad a través de la gestión eficiente de los recursos humanos, físicos y financieros, interviniendo en los planes de capacitación y motivación del personal científico-técnico del área.