El Instituto Nacional de Investigación y Desarrollo Pesquero (INIDEP) asesora a la Subsecretaría de Pesca y Acuicultura de la Nación (SSPyA), al Consejo Federal Pesquero (CFP) y a la Cancillería Argentina en el uso racional de los recursos sostenibles con el objetivo primordial de preservar el ecosistema marino para las generaciones futuras. Para ello, efectúa estudios sobre la dinámica de poblaciones de peces, crustáceos y moluscos de interés pesquero enfocándose en aspectos tales como reclutamiento, crecimiento, mortalidad natural y por pesca. Del mismo modo, realiza investigaciones ambientales que incluyen aspectos físicos y químicos del mar, así como trabajos orientados al desarrollo de productos marinos destinados a la alimentación humana y de tecnologías para el cultivo de organismos marinos. Por otra parte, el análisis y el diseño de las artes y métodos de captura tienen por objetivo hacer que estas sean más eficientes poniendo especial énfasis en la selectividad de las mismas con el fin de proteger a los ejemplares más vulnerables. También se tiene en cuenta los aspectos económicos y sociales de la actividad pesquera, para lo cual se realizan análisis económicos de pesquerías y estimación de los indicadores de productividad, eficiencia y eficacia de la flota e industria.

Todas estas actividades se encuentran enmarcadas dentro de Programas de Investigación multidisciplinarios que abarcan los principales recursos marinos del Mar Argentino, entre los que se encuentran: merluza común, calamar, langostino, abadejo, corvina rubia, anchoíta, caballa, tiburón, gatuzo, rayas, merluza de cola, pescadilla, merluza negra, polaca, centolla y vieira.